Depuis octobre 2005, la Faculté de théologie de Neuchâtel assume la formation en théologie pratique des étudiants ayant obtenu leur baccalauréat en théologie à Genève ou à Lausanne, dans le cadre du Nouveau Partenariat en Théologie (TPSR) du Triangle Azur. Elle assure la partie du master indispensable pour exercer le ministère pastoral dans les églises romandes.

L'enseignement dispensé  par quatre professeurs ordinaires, appuyés par autant d'assistants, couvre tous les champs traditionnels de la théologie pratique, de l'homilétique et liturgique à la pédagogie de la religion, en passant par l'accompagnement de personnes.

La  formation dure quatre semestres. Les étudiants trouvent leurs deux autres disciplines de master à Lausanne (sciences bibliques et sciences des religions) et à Genève (histoire du Christianisme et théologie systématique et éthique).

Pour les études doctorales, la Faculté se destine à la théologie pratique depuis octobre 2005.