Neuchâtel offre une formation théologique dès le XVIe siècle, assumée d'abord par les pasteurs de l'Eglise réformée. L'organisation en Faculté et l'insertion dans l'Université se font au cours des XIXe et XXe siècles ( cf. histoire de la Faculté ). En 2004-2005, la Faculté a vécu une restructuration non seulement en fonction de l'introduction du système de Bologne, mais également par des liens nouveaux établis avec les Facultés de théologie de Genève et Lausanne regroupées dès octobre 2004 sous la forme d'une Fédération. Cette Fédération est remplacée le 1er août 2009 par une convention de partenariat en théologie protestante et sciences des religions (TPSR) signée par les rectorats des Universités du Triangle Azur (Genève, Lausanne et Neuchâtel) afin d'intensifier les relations entre la Faculté autonome de théologie protestante de Genève , la Faculté de théologie et de sciences des religions de Lausanne ,

et la Faculté de théologie de Neuchâtel, et de répartir plus clairement les pôles de compétence en matière d'enseignement et de recherche.