La Faculté des lettres et sciences humaines abrite quinze instituts qui représentent leur discipline dans les piliers de baccalauréat et de maîtrise universitaires. Ces instituts initient les étudiants/tes à la pratique rigoureuse de leur discipline, pratique sans laquelle l'interdisciplinarité ne peut pas reposer sur des bases solides. Le personnel des instituts réunit des enseignants/tes qui sont tous/toutes des chercheurs et des chercheuses. Vu sa taille, la Faculté offre d'excellentes conditions d'encadrement aux étudiants/tes qui désirent comprendre l'attrait comme les mécanismes de la recherche. La plupart des instituts offrent même une participation directe à des programmes de recherche en cours ; chaque web-site présente les investigations passées et présentes d'une unité de recherche, dans les champs de la recherche appliquée et théorique.

Les instituts sont regroupés en Maisons, qui gèrent des piliers communs, mènent des recherches pluridisciplinaires et réfléchissent sur l'ambition globale des disciplines affiliées :

• La Maison de la philosophie
  Coordinateur: M. le prof. Richard Glauser
  Secrétaire: Mme Catherine Gasser
• La Maison des Sciences Historiques (MASH)
  Coordinateur: M. le prof. Pierre-Alain Mariaux
  Secrétaire: Mme Ketty Villemin
• La Maison d'Analyse des Processus Sociaux (MAPS)
  Coordinatrice: Mme la prof. Janine Dahinden
  Coordinateur suppléant : M. le prof. Gianni d'Amato
  Secrétaire: Mme. Aylin Bastürk
• La Maison des littératures (MALIT)
  Coordinateur: M. le prof. Jean-Pierre Van Elslande
  Secrétaire: Mme Marianne Grassi Moulin
• La Maison des Sciences du Langage et de la Communication (SciLAC)
  Coordinateur: Mme la prof. Simona Pekarek Doehler
  Secrétaire: Mme Florence Rohrbach